Ders Genel Bilgileri

Ders Kodu AKTS T+U+L Kredi Ders Türü YAZ20415 5 3+0 3 Seçmeli Ders Linki (Türkçe) : Kopyala Ders Linki (İngilizce) : Kopyala Dersin Dili Türkçe Dersin Düzeyi Lisans Öğretim Türü Örgün Öğretim Dersin Türü Seçmeli Dersin Amacı Bu ders kapsamında, biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoenformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışının daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla araştırılması ve tartışılması amaçlanmaktadır. Ek olarak, dizilerin karşılaştırılması, filogenetik ağaç kurulumu, türler arasındaki uzaklığın hesaplanması, mikrodizi verilerinin değerlendirilmesi, genomik, proteomik ve formakogenetik yaklaşımlar bu dersin kapsamındadır. Dersin İçeriği Biyoenformatik kavramı ve kullanım alanları, bilgi kuramı, bilginin toplanması, işlenmesi ve paylaşılması, veri bankası oluşturma ve kullanımı, protein ve nükleotid veri tabanlarının incelenmesi, primer dizaynı, nükleotid ve protein dizi analiz sonuçlarının değerlendirilmesi. Dersin Ön Koşulları - Dersin Koordinatörü Dr. Öğr. Üyesi Bora ASLAN Dersi Verenler Dr. Öğr. Üyesi Talha Burak ALAKUŞ Dersin Yardımcıları Arş. Gör. Burak BEYNEK Staj Durumu Yok

Dersin Kaynakları

Kaynaklar - P. M. Selzer, J. Marhöfer, O. Koch. Uygulamalı Biyoinformatik: Giriş, Palme Yayınları, 2. Basım, 2019.- M. C. Baloğlu, N. M. Ünel, İ. K. Önal, F. Çetin, M. Keleş, M. Pektaş, M. Y. Çelik Altunoğlu, K. B. Ceylan, Y. Ceylan, Ş. Yerlikaya, A. Battal, G. Sadi, Ö. Darcansoy İşeri, N. Acar, E. Gündeğer, C. Selçuki, A. K. Kızıldoğan, A. K. Yağız, C. Yavuz, E. Aksoy, A. Uğurlu, E. N. Yer, F. Ulu, T. H. Can, Y. Çelik Altunoğlu, M. Kavas, B. D. Altunoğlu, P. Baloğlu. Biyoinformatik Temelleri ve Uygulamaları, Pegem Akademi, 3. Basım, 2023. Notlar İlgili öğretim üyesinin önereceği ders notları. Döküman - Ödev -

Ders Yapısı

Matematik ve Temel Bilimler % 30 Mühendislik Bilimleri % 20 Mühendislik Tasarımı % 0 Sosyal Bilimler % 0 Eğitim Bilimleri % 0 Fen Bilimleri % 20 Sağlık Bilimleri % 0 Alan Bilgisi % 30

Değerlendirme Ölçütleri Yarı Yıl Çalışmaları Sayısı Katkı Ara Sınav 1 % 20 Kısa Sınav 0 % 0 Ödev 1 % 30 Devam 0 % 0 Uygulama 0 % 0 Proje 0 % 0 Yarıyıl Sonu Sınavı 1 % 50 Arazi Çalışması 0 % 0 Atölye Çalışması 0 % 0 Laboratuvar 0 % 0 Sunum/Seminer Hazırlama 0 % 0 Toplam 3 % 100

AKTS Hesaplama İçeriği Etkinlik Sayısı Süresi (Saat) Toplam İş Yükü Ders Süresi 14 3 42 Sınıf Dışı Ç. Süresi 14 4 56 Ödevler 1 10 10 Ara Sınavlar 1 8 8 Yarıyıl Sonu Sınavı 1 20 20 Kısa Sınav 0 0 0   136 | AKTS Kredisi : 5

Ders Konuları

Hafta Konu Öğretim Yöntem ve Teknikleri Döküman 1 Biyoenformatiğin Biyolojik Temelleri Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 2 Dizilim Karşılaştırmaları ve Dizilim-Temelli Veri Tabanı Araştırmaları Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 3 DNA Dizilimlerinin Sabit Haritalama Teknikleri ile Sayısal İfadelere Dönüştürülmesi Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 4 DNA Dizilimlerinin Fiziko-Kimyasal Özellik Tabanlı Yöntemler ile Sayısal İfadelere Dönüştürülmesi Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 5 Protein Dizilimlerinin Fizikokimyasal Özellik Tabanlı ve Evrim Tabanlı Yaklaşımlarla Sayısal İfadelere Dönüştürülmesi Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 6 Protein Dizilimlerinin Yapı Tabanlı ve Karakter Tabanlı Yaklaşımlarla Sayısal İfadelere Dönüştürülmesi Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 7 Protein Yapıları ve Protein İkincil Yapı Tahmini Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 8 Ara Sınav - - 9 Protein-Protein Etkileşimlerinin Tahmin Edilmesi Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 10 Protein Ailelerinin Sınıflandırılması Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 11 Genomların İşlevsel Analizi Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 12 Viral-Konak Etkileşimlerin Sınıflandırılması Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 13 Filogenetik Analiz Temelleri Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 14 Genomik Varyasyonlar ve Hastalık İlişkileri Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma 15 Epigenetik Verilerin Analizi Anlatım / Sunum Ders kaynaklarını okuma

Dersin Öğrenme Çıktıları: Bu dersin başarılı bir şekilde tamamlanmasıyla öğrenciler şunları yapabileceklerdir:

# Açıklama 1 Öğrenciler, biyoenformatik kullanım alanlarını öğrenebileceklerdir. 2 Öğrenciler, biyolojik bilginin toplanması ve işlenmesi konusunda bilgi sahibi olabileceklerdir. 3 Öğrenciler, biyolojik veri tabanlarını kullanabileceklerdir. 4 Öğrenciler, DNA ve protein dizilimlerini sayısal bir biçimde ifade edebileceklerdir. 5 Öğrenciler, proteinler arasındaki etkileşimleri analiz edebileceklerdir. 6 Öğrenciler, ikincil protein yapılarını inceleyebilecekler ve analiz edebileceklerdir. 7 Öğrenciler, protein ailelerini sınıflandırabileceklerdir. 8 Öğrenciler, viral-konak etkileşimi hakkında bilgi sahibi olabileceklerdir.

Dersin Program Çıktılarına Katkısı

P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 P9 P10 P11 Ö1 5 2 1 1 1 1 1 1 1 1 3 Ö2 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 3 Ö3 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 3 Ö4 4 5 3 3 3 3 1 1 1 1 3 Ö5 5 5 5 3 4 4 1 1 1 1 3 Ö6 5 5 5 3 4 4 1 1 1 1 3 Ö7 5 5 5 3 4 4 1 1 1 1 3 Ö8 5 5 5 3 4 4 1 1 1 1 3

Katkı Düzeyi: 0:Yok     1:Çok Düşük     2:Düşük     3:Orta     4:Yüksek     5:Çok Yüksek